在集裝箱建筑中需要進行特殊的防水和防火設計，尤其在防火設計方面顯得更加重要，因為它的空間相對較小而且密閉性強，一旦發生火災會造成大量的人員傷亡和財產損失，所以集裝箱廠家建立防護機制，除了在安全方面進行斟酌以外它們還會重點關注防水問題。

1、防水卷材

清理干凈基層后，在卷材反面和基層刷粘結膠，按彈好的基準線由遠而近的粘貼、輥壓，之后做接縫收頭檢查處理，完工后應做蓄水實驗。集裝箱廠家會根據項目地的環境氣候不同，對保溫所采用的隔熱材料也會有一定的差異，集裝箱廠家設計的集裝箱房子的墻/天花板一般會應用歐松板、石膏板、水泥纖維板、高分子裝配板、鋁合金雕花板、防腐木等進行裝飾；

2、涂料防水

以“一布兩涂”為例：清理干凈基層后，滿刷一遍涂料，干燥成膜后，鋪設一層玻纖布胎體增強材料，并在已展平的表面上滿刷一層涂料固定，集裝箱廠家提醒干燥后進行下一遍屋頂防水施工。集裝箱內部噴涂聚氨酯泡沫，加裝玻璃巖棉板以用來防潮防腐隔熱隔音。南方室內加裝空調、北方則加裝地暖等；信譽好的集裝箱廠家強烈建議外層覆裝飾材料，比如歐松板、石膏板、水泥纖維板、高分子裝配板等。

3、鋪設剛性防水層

專業的集裝箱廠家稱應在首道柔性防水層完成后的兩天左右進行施工，主要以高等級脂肪酸類砂漿防水劑、水泥、砂子、細石骨料、纖維為基本材料，防水層厚度應以集裝箱廠家要求為主。集裝箱內部為滿足墻面和天花板的防火、隔熱等要求，集裝箱廠家建議室內采用厚度達標的玻璃巖棉夾心板進行裝飾。

據集裝箱廠家介紹一些樓層較高的集裝箱房屋可能還會增加多層彩鋼板或者是鋁板來達到隔風隔熱和防水的效果，具體采用何種的外部防水方法需要根據頂部加裝的結構龍骨所決定，但是大多數的廠家都會在各個保護層外進行涂膠，這樣可以有效的防止紫外線并避免漏水。